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 亲水性色谱柱适用于分离水溶性极性化合物,对亲水性化合物有强的保留能力,且使用寿命增长,可以使用纯水作流动相,对亲水性化合物和极性化合物有广泛的选择性,独特的改性技术避免了对C18链被破坏,即使在有缓冲液或离子对试剂的条件下,仍然保持基线平稳和较高的灵敏度。亲水性色谱柱极低金属含量和硅醇基残留,在分析碱性药物和螯合化合物、甚至在LC-MS条件(如非磷酸盐缓冲液体系)下,均显示优良分析性能。在高水相体系中分离极性化合物时,不会发生保留特性改变、极大改善理论塔板数和色谱峰分离性能。
  其它亲水性色谱柱也已经商品化。由于其特殊的性质,一般于特殊的用途。如,石墨化碳正逐渐成为反相色谱柱填料。这种填料的分离不同于硅胶基质烷基键合相,石墨化碳的表面即是保留的基础,不再需其它的表面改性。该柱填料一般比烷基键合硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强。石墨化碳可用于分离某些几何异构体,又由于在亲水性色谱柱流动相中不会被溶解, 这类柱可在任何pH与温度下使用。 
氧化铝也可用于HPLC,氧化铝微粒刚性强,可制成稳定的色谱柱柱床,其优点是可在pH高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物作用也很强,亲水性色谱柱应用范围受到一定的限制,所以未能广泛应用。新型填料也可用于HPLC,商品化的仅有聚合物涂层的多孔氧化锆微球色谱柱,应用pH范围1~14,温度可达100℃。由于氧化锆填料是zui近几年才开始研究,加之面临的实验难度,其重要用途与优势尚在进行中。
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